Utredare

Folkhälsomyndigheten är en nationell kunskapsmyndighet som arbetar för bättre folkhälsa. Det gör myndigheten genom att utveckla och stödja samhällets arbete med att främja hälsa, förebygga ohälsa och skydda mot hälsohot. Vår vision är en folkhälsa som stärker samhällets utveckling.

Har du flera års arbetslivserfarenhet av systemutvecklingsarbete och vill utveckla och underhålla system för dataanalys, databaser vid myndigheten för folkhälsofrågor? Då har vi ett jobb som väntar på dig!

Vad ska du jobba med?
Till vårt bioinformatiska team på enheten för laboratorieutveckling söker vi en bioinformatiker. Dina arbetsuppgifter i teamet för bioinformatik kommer att innebära analys av data från sekvensering (NGS) samt utredningsarbete tillsammans med mikrobiologer inom myndighetens ansvarsområde. Dina arbetsuppgifter i teamet för bioinformatik innebär att strukturera och kurera stora datamängder dvs. helgenomdata och tillhörande metadata från mikroorganismer samt nedströms analyser med relevanta verktyg. Bioinformatik-teamet är inne i en spännande utvecklingsfas där ny teknik för databeräkningar och lagring är under implementering.

Myndighetens egen sekvenseringsplattform som har expanderat senaste året och en stor bredd av olika organismer analyseras nu dagligen inom ramen för myndighetens arbete. Syftet är att bistå den nationella övervakningen av smittsamma sjukdomar inklusive antibiotikaresistens vilket betyder att analys av data från andra plattformar också är aktuellt.  Vi bedriver verksamheten i enlighet med gällande kvalitetsstandarder. Teamet och enheten tar ett helhetsansvar och säkerställer långsiktig förvaltning i linje med myndighetens uppdrag, att vara ett expertstöd vid hantering av misstänkta eller konstaterade utbrott av smittsamma sjukdomar.

Arbetet innebär även att du deltar i utvecklingsprojekt med bioinformatisk inriktning. Denna del av arbetet innefattar även enklare programmering för att hantera och sammanställa analysresultat samt bygga reproducerbara arbetsflöden.

I arbetsuppgifterna ingår att delta i det dagliga arbetet i enhetens bioinformatiska team. Det innefattar bland annat drift och support av befintliga system.

För att trivas hos oss behöver du gilla allt från att utveckla enhetliga arbetsrutiner till att utreda nya tekniker, driva förbättringar som innefattar automatisering av laborativt dataflöde till analys av data i samarbete med mikrobiologer, epidemiologer, IT-kollegor på myndigheten

Vem söker vi?
Krav för anställningen:


• minst tre års högskoleutbildning inom relevant område exempelvis Bioinformatik, mikrobiologi, molekylär bioteknik, systemvetenskap, datavetenskap eller motsvarande,
• ett eller ett par års relevant arbetslivserfarenhet av naturvetenskapliga branschområden inom systemvetenskap, data science, bioinformatik, bioteknik eller motsvarande där analys av sekvenseringsdata utgjort väsentlig del,
• du har en eller ett par års dokumenterad arbetslivserfarenhet av arbete med bioinformatisk analys.

Utöver det ser vi dessa kompetenser, förmågor och erfarenheter som viktiga för att du ska trivas hos oss:

Mycket stor vikt läggs vid:


• att du har en eller ett par års relevant arbetslivserfarenhet av bioinformatik samt implementation av reproducerbara arbetsflöden på Linux
• att du har dokumenterad erfarenhet av programmering samt arbete i R,
• mycket god förmåga i svenska och engelska språket, tal och skrift,
• personlig lämplighet för anställningen såsom att vara ansvarstagande, självgående, analytisk och noggrann.

Stor vikt läggs vid:


• att du har dokumenterad erfarenhet av analys av släktskapssamband med hjälp av fylogenetiska modeller,
• att du har dokumenterad erfarenhet av analys av helgenomgenomisk analys av mikroorganismer,
• att du har dokumenterad erfarenhet av metagenomiska analyser,
• att du har dokumenterad erfarenhet av analyser av metabarcoding data (16S/ITS),
• att du har dokumenterad erfarenhet av dokumentering av rutiner,
• at du har arbetslivserfarenhet eller på annat sätt förvärvad erfarenhet av sekvensering och produktion av sekvensdata (från en eller flera plattformar),
• att du har erfarenhet av att arbeta med nationella system för rapportering av laboratorieanalyser av helgenomanalyser av mikroorganismer,

 

Vikt läggs vid:


• att du har dokumenterad erfarenhet av analys med hjälp av dockers (eller annan container teknologi),
• att du har dokumenterad erfarenhet av analys med hjälp av workflow managers (så som Nextflow, Snakemake eller liknande),
• att du har dokumenterad erfarenhet av arbete med versionering genom GIT,
• att du har erfarenhet av dokumentation inom programmering.

Vi fäster stor vikt vid personliga egenskaper. Du är prestigelös och tycker om att samarbeta med kollegor och ser det som självklart att planera ditt och ibland andras arbeten. Du vet att man behöver anstränga sig för att förstå verksamheters behov, kan väga samman olika intressen och leverera gemensamma prioriteringar.

Vad gör enheten?
Enheten för laboratorieutveckling ger metodutveckling och kvalitetsstöd internt och externt. Ansvarar även för drift och utveckling av laboratoriemetodik och plattformar samt kundansvar och provadministration.

Hur är det att jobba på Folkhälsomyndigheten?
Vi erbjuder utvecklande arbetsuppgifter där du kan påverka och göra skillnad. Oavsett vad du jobbar med är du med och bidrar till samhällsnytta. Det gör du tillsammans med engagerade och kompetenta kollegor i stimulerande samarbeten. Folkhälsomyndigheten är en arbetsplats som strävar efter att ge lika möjligheter till alla och att vara fri från diskriminering. Myndigheten har sin verksamhet i Solna och Östersund.

Om anställningen
Du kommer att anställas som utredare med placering på vårt kontor i Solna. Befattningen är en tidsbegränsad anställning på heltid under perioden 2021-09-01 – 2022-08-31. Tillträde sker snarast eller enligt överenskommelse.

Är du intresserad?
Vill du veta mer om anställningen är du välkommen att kontakta enhetschef Anna Risberg, telefon 010-205 21 38.

Fackliga företrädare är för SACO Karin Strömberg, telefon 010-205 22 68, och för OFR/S Jessika Spångberg, telefon 010-205 29 22.

Ansökan
Välkommen med din ansökan till befattningen som utredare hos oss!

Ansök senast 2021-08-15 via myndighetens webbplats.
Arbetsgivarens diarienummer: 02994-2021-2.1.