Vetenskaplig programmerare med inriktning på bildanalys

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Uppgiften är att bedriva forskning och utbildning av högsta kvalitet och att på olika sätt samverka med samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har 40 000 studenter, 7 000 anställda och en omsättning på 6,5 miljarder kronor.



Institutionen för cell- och molekylärbiologi (ICM) är en av de mest internationella, interdisciplinära och framstående forskningsinstitutionerna inom molekylär biovetenskap i Europa.

Institutionens forskning sträcker sig från cellbiologi till biofysik.

Science for Life Laboratory (SciLifeLab) är ett nationellt center för molekylär biovetenskap. SciLifeLab kombinerar avancerad teknisk expertis med forskning i världsklass. SciLifeLab är en ett samarbete mellan Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska högskolan, Stockholms universitet och Uppsala universitet.

Tjänsten är knuten till Johan Elfs forskargrupp som arbetar tvärvetenskapligt med att studera livet på molekylärnivå. Gruppen arbetar med fysikaliska modeller av centrala processer i levande celler och att utveckla de mätmetoder som behövs för att testa modellerna.

Gruppens forskning är starkt beroende av utveckling och anpassning av avancerad vetenskaplig programvara för att kunna genomföra insamling och analys av data samt datorsimuleringar. Vi utvecklar, och underhåller därför ett flertal egna open-source-mjukvarupaket så som, MesoRD(http://mesord.sourceforge.net/), vbSPT (http://vbspt.sourceforge.net/index.php) och SMeagol (https://sourceforge.net/projects/smeagol/) samt utökar och modifierar andras, som texMicromanger (http://valelab.ucsf.edu/~MM/MMwiki/). Vi utvecklar också Strider, vår in-house pipeline för analys av mikroskopidata och singel partikel trackning.

Vi söker nu dig som genom din expertis inom programmering vill främja och stödja en tvärvetenskaplig och dynamisk forskargrupp som bedriver forskning inom såväl biofysik, biokemi och mikrobiologi som optik, matematik och datavetenskap. Vi fokuserar på de grundläggande mekanismerna bakom bakteriell replikering och genreglering, men bedriver även forskning inom utveckling och prevention av antibiotikaresistens. Vi utvecklar också nya optiska tekniker för studier av enskilda molekyler i levande celler.

Arbetsuppgifter: Du ska anpassa och implementera analysmetoder för de nya typer av experimentella data som kontinuerligt genereras i labbet. Detta inkluderar programmering och automatisering av mikroskop, utveckling av bildanalysflöden, implementation och optimering av bildanalys algoritmer, implementering av simuleringsalgoritmer samt datavisualisering. Design och implementering sker i nära samarbete med medlemmar av forskargruppen som även är de primära användarna. Vi värdesätter en god gruppdynamik och kommer därför att fästa stor vikt vid personliga egenskaper så som förmåga att samarbeta i team och social kompetens.

Kvalifikationskrav: Master eller doktorsexamen inom ett för tjänsten relevant område så som t.ex. bildanalys, mjukvaruutveckling eller beräkningsvetenskap. Goda kunskaper i Matlab och C/C++. Förmåga att planera och utföra projekt både självständigt och i samarbete med kollegor samt förmåga att kommunicera obehindrat i tal och skrift på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt:
Dokumenterad erfarenhet inom bildanalys, mikroskopi, elektronik, sannolikhetslära, eller statistik samt kunskaper i Fortran och Java.

Ansökan skall innehålla:

- Personligt brev (max en sida).
- CV (max två sidor).
- Examensbevis.
- Kontaktuppgifter till referenspersoner.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: snarast eller efter överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning 6 månader kan tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av:
Irmeli Barkefors (irmeli.barkefors@icm.uu.se, tel. 018-471 6681) eller Johan Elf (johan.elf@icm.uu.se, tel. 018-471 4678.

Välkommen med din ansökan senast den 8 januari 2017, UFV-PA 2016/3599.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp. Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.